主要危害茎基部。发病初期，茎基部出现大小不等的水渍状斑，逐渐扩大,叶片发黄,发病后期病斑环绕茎基部一周,导致茎基部组织逐渐腐烂。地上部主茎由上而下干枯死亡，叶片发黑脱落，呈枯萎状，湿度大时扒开土壤，在病部和土壤中可见白色棉絮状物，严重时开始死株，危害极大。

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发病规律：病菌以菌丝体潜伏在病姜及病残体上越冬，条件适宜即可发病。一般5月开始发生，收获后带有病菌的种姜仍可继续发病，一直延续到翌年3月播种时。高温高湿有利于生姜茎基腐病的发生，重茬连作、通风透光不良、土壤黏重、的地块易发病。

病原为腐霉菌属Pythiummyriotylum spp. ，包括结群腐霉菌Pythiummyriotylum Drechsher，简囊腐霉菌Pythiummonospermum Pringsheim和瓜果腐霉菌Pythiumaphanidermatum(Eds.)Fitzp.，属鞭毛菌亚门真菌。